2003年6月1日至15日，三峡库区进行二期蓄水，水位将达到135米。为了及时掌握蓄水前后和蓄水期间的水质变化情况，国家环保总局组织中国环境监测总站自5月25日至6月20日每天进行一次水质同步监测。监测的断面共6个，分别为寸滩（长江入库区断面）、清溪场（库区控制断面）、晒网坝（库区控制断面）、银杏沱（库区坝前控制断面）、大溪沟（嘉陵江入长江断面）和麻柳嘴（乌江入长江断面），见图。监测的项目共8项，分别为溶解氧、高锰酸盐指数、氨氮、总磷、挥发酚、石油类、铅和粪大肠菌群。水质按河流采用国家《地表水环境质量标准》（GB3838－2002）进行评价。

　　今日，库区干流水质以Ⅴ类和劣Ⅴ类为主，支流入库水质为劣Ⅴ类，主要污染指标为粪大肠菌群（见表1）。若不考虑粪大肠菌群指标，干、支流水质以Ⅲ类为主（见表2）。各项指标监测结果见表3。在监测断面上观看，秭归沿江库汊水面上聚集了大量漂浮物，以枯枝叶为主。

表1    8项指标评价结果

表2    7项指标评价结果