1999年，由环保、水利、农业、林业、气象、卫生、资源、地震、交通、中科院、中国三峡总公司、三建委移民局及湖北、重庆两省、市人民政府的有关部门和单位共同组建的长江三峡工程生态与环境监测网络，连续第四年对三峡工程建设过程中的生态与环境问题进行全面的跟踪监测。

　　1999年，国家环保总局组织实施了三峡库区生态与环境监测网络第一期能力建设项目，为重庆、涪陵、万州、宜昌等15个库区生态与环境监测网络站配置水质及生态环境监测仪器设备，总投资1400多万元（其中国家财政补助投资850万元）。国务院三峡工程建设委员会移民开发局安排了环保项目补助资金1200万元。监测网络各成员单位出色地完成了各项监测任务，全年有70多个科研院所和监测站对约500个监测项目进行了监测，共获得了约40万个数据。